En el año 1994, la Comunidad de Religiosas de la Congregación de Hijas de la Divina Pastora, cuya presencia en Antofagasta se remonta al año 1976, advirtiendo que el sector contaba con pocos colegios para atender a tantos niños, decidió la compra del terreno donde se emplaza actualmente el Colegio Divina Pastora, el cual abrió sus puertas en febrero de 1997.
El reconocimiento oficial del Estado, fechado el 1 de abril de 1997 (R.E 0148), lo considera un Establecimiento de Educación Básica, Mixta, Subvencionada, con capacidad de atención a 120 estudiantes y con R.B.D 12860-0. Dicha capacidad ha ido aumentando con el paso de los años y con la respectiva autorización del Ministerio de Educación, de forma que actualmente el colegio está habilitado para albergar un universo de 720 estudiantes (R.E. 951, del 1 de marzo de 2015).
En un principio, comenzaron a funcionar dos cursos de 1° y 2° Básico con un total de 90 niños en la primera planta del primer pabellón mientras se continuaba la construcción del segundo pabellón. Finalmente, en el año 2010 el Colegio se terminó de construir en su totalidad.
